Shrek, Kral Harold hastalandığında tahta uygun bir varis bulmak zorunda kalır. Eğer bulamazsa bataklığından ayrılarak tahta geçmesi gerekecektir. Shrek kendisine yardımcı olması için Eşek ve Çizmeli Kediyi görevlendirir. Şrek 3te en sonunda taht için doğru varisin Fiona’nın kuzeni Prens Artie (Justin Timberlake) olduğuna karar verir. Bu sırada Fiona’nın eski nişanlısı olan Prens Charming’in de gözü tahttadır. Kötü adamları ile birlikte kentin altını üstüne getirerek tahta oturmaya çalışır. Fakat Fiona ve annesi Kraliçe Lillian da kenti savunmak için masallardaki iyi insanların yardımını almıştır.
