Feodal Japonya döneminde yaşamakta olan Jubei Kibagami bir ninjadır. Ancak bir sorun çıkar ve Jubei avarelik zamanlarına bir süre ara vermek zorunda kalır. Ninja Scrollda Koga Ninja takımı salgın bir hastalığın yayılmakta olduğu bir köyü araştırmak için gönderilir fakat yolda karşılarına çıkmış olan Tssai adındaki bir yaratık kendilerine saldırır. Jubei’nin kurtarmış olduğu Kagero adındaki dişi ninja hariç herkes katliama kurban gider. Tssai intikam için geri döner ve Jubei ile düello yapar. Düellonun kazananı tuhaf bir biçimde Jubei olur ve ardından Dakuan da kendisini bu olayların içinde bulur.
