Film yakın bir gelecekte geçmektedir. Yaşı ilerlemiş olan Logan (Hugh Jackman) gün geçtikçe yeteneklerini kaybetmeye başlamıştır. Loganda Profesör X olarak da bilinen Charles Xavier alzheimer hastasıdır. Logan Profesör X’i Meksika sınırına yakın bir yerde gizlemektedir. Laura Kinney (Dafne Keen) adındaki küçük bir kız bir gün tüm dünyadan saklanmaya çalışmakta olan Logan’ı bulacaktır. Huzuru bozulmuş olan Logan kendisi gibi bir mutant olan küçük kızı kötülüklerden koruyacaktır.