Kubo Sariatu adındaki annesi ile birlikte küçük bir sahil kasabasının tepesinde bulunan bir mağarada yaşamaktadır. Kubo bu kasabada her gün halka hikayeler anlatarak ve basit sihir gösterileri yaparak zaman geçirmektedir. Günlerin birinde Kubo annesinin uyarılarına kulak asmaz ve hava kararmasına rağmen eve dönmez. Kubo ve Sihirli Tellerinde bu sırada kötü kalpli ruhlar Kubo’ya saldırır ancak annesi Kubo’yu sihir yardımı ile kurtarmayı başarır. Şimdi Kubo’nun görevi kötü güçler ile savaşmak için kayıp babasının zırhını bulmaktır. Bilge bir maymun ise bu yolda Kubo’nun yardımcısı olacaktır.
