Film 80’li yılların son zamanlarında geçmektedir. Aslında gerçek olmayan bazı şeyler gördüğünü iddia etmeye başlayan Donnie Darko 16 yaşında bir gençtir. Karanlık Yolculukta Donnie’nin en sık gördüğü şey ise tavşan kostümü giyinmiş olan bir adamdır. Bu genç çevresi ile uyum sorunu yaşamakta ve iletişim kuramamaktdır. Gördüğü hayali görüntünün büyüsüne kapılmış olan Donnie ailesinin ve okulunun göstermiş olduğu yolu reddeder ve hayali misafirinin kendisine çizmiş olduğu yoldan gitmeye karar verir.
