Yenilmezler ekibi oldukça büyük bir maddi ve manevi hasara sebep olan başka bir maceraya girişirler. Bu hasarın ardından Amerikan Hükümeti yenilmezlere karşı olan tepkisini ortaya koyar. En sonunda bir sistem kurarlar ve bu sisteme göre yenilmezler sadece kendilerine ihtiyaç olduğunda ortaya çıkacaklardır. Fakat yakın arkadaşı olan Bucky’i (Sebastian Stan) kurtarmak için ortaya atlayan Kaptan Amerika yenilmezler arasında sorun çıkmasına neden olur. Kaptan Amerika: Kahramanların Savaşında yenilmezler, Kaptan Amerikanın liderliğini yapmakta olduğu bağımsız hareket yanlıları ve Iron Man’in (Robert Downey Jr.) başta olduğu hükümet yanlıları olarak ikiye ayrılırlar. Kahramanlar arasında bir iç savaş ortaya çıkmışken yeni bir düşman da kendilerini beklemektedir.
